تأسس معهد العمارة والفنون الإسلامية في جامعة آل البيت عام 1994 لخدمة أهدافها المتمثلة في تنمية الشعور بالانتماء إلى الحضارة الإسلامية وقيمها، والتعرف إلى تراثها وإنجازها نحو العمل على رقي الآداب والفنون وتقدم العلوم لدى المسلمين، والسعي إلى إعادة ربط العلوم بأصولها الإسلامية. وكان يطرح برنامج الماجستير في العمارة الإسلامية والفنون والموسيقا، وفي عام 2001 تم طرح برنامج البكالوريوس في هندسة العمارة.

تطور المعهد ليكون كلية الهندسة من مطلع العام الدراسي 2010/2011، وضمت قسم هندسة العمارة والفنون الإسلامية، ثم تم استحداث قسمي الهندسة المدنية وهندسة المساحة من بداية العام الجامعي 2010/2011، ومن ثم تم استحداث قسم هندسة الطاقة المتجددة من بداية العام الجامعي 2013/2014، بالإضافة إلى استحداث برنامج الماجستير في قسم هندسة العمارة من بداية العام الجامعي 2021/2022.

تشارك الكلية في إعداد كوادر هندسية مؤهلة ترفد الوطن والمنطقة عامة، وتمتلك القدرة النظرية الرصينة للهندسة وفلسفتها. وتهدف الكلية إلى إرساء قيم حضارية وبناء دعائم علمية تتفاعل مع احتياجات المجتمع المحلي على مستوى الوطن ومحافظة المفرق بخاصة بعد إعلانها منطقة تنموية صناعية. واستطاعت الكلية استقطاب نخبة متميزة من أعضاء هيئة التدريس الذين نهلوا العلم من مدارس محلية وعالمية متنوعة، والذين يرفدونها بالخبرات الأكاديمية والبحثية.

وفي عام 2020، تم افتتاح مبنى كلية الهندسة الجديد والذي صمم على نحو يتوافق مع المتطلبات الضرورية لتدريس المواد النظرية والعملية؛ حيث جهزت المراسم والمختبرات العلمية والقاعات الصفية التي تحوي أحدث الأجهزة والوسائل العلمية المتطورة التي تواكب التطور الحاصل في المجالات الهندسية المختلفة، بخاصة في مجال استخدام الوسائل التقنية في الرسم المعماري بالحاسوب وإظهار المشاريع الهندسية والبرامج الحديثة المتطورة في التحليل الإنشائي وإدارة المشاريع ونظم المعلومات الجغرافية وغيرها. ويبلغ عدد أعضاء هيئة التدريس في الكلية (38) عضو هيئة تدريس، أما الطلبة فيبلغ عددهم (1153) طالباً وطالبة، ويبلغ عدد الطلبة الخريجين (3309) طلاب.